หลังตอบรับคำเชิญจากเทรนเนอร์ปริศนา ซาโตชิ คาซุมิ และทาเคชิก็ได้พบมิวทู โปเกมอนอัจฉริยะที่ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อท้าดวลพวกเขา