มิซาโตะและวิลเลอ กลุ่มต่อต้านเนิร์ฟเดินทางมาถึงปารีสที่กลายเป็นสีแดงเพราะผลจากแกนกลาง ลูกเรือกลุ่มหนึ่งของวุนเดอร์ลงจอดบนซากปรักของหอกักกัน พวกเขามีเวลาเพียง 720 วินาทีในการฟื้นฟูเมืองขึ้นใหม่ เมื่อกองทัพอีวาของเนิร์ฟปรากฏตัว อีวาหมายเลขแปดของมาริตจึงต้องออกมารับมือ ขณะเดียวกัน ชินจิ อาสึกะ และเรย์ก็ออกเดินทางไปทั่วญี่ปุ่น